El claustre era el lloc de trànsit on el monjo preparava el seu esperit. Posava en comunicació les principals dependències. Té dos pisos, l’inferior amb parelles d’arcs apuntats on trobem retrats de personatges del segle XV (monjos, papes, reis, nobles, mercaders...). El pis superior és d’arcs rebaixats.

El claustre és fet de pedra de Montjuïc pels mestres Jaume Alfons, Pere Basset i Joan Safont. El jardí recrea el paradís terrenal amb plantes de diverses espècies. Al mig trobem un sortidor renaixentista, té forma d’estrella vuitada amb l’escut del fundador, Bertran Nicolau.

També hi ha el pou, del 1470, i la murtra, arbust que dóna nom al monestir. Aquest exemplar té més de 150 anys. Al claustre destaquen els retrats dels Reis Catòlics i Colom, qui va entrevistar-se a La Murtra amb els monarques, a la tornada del seu primer viatge a Amèrica.